Nel 1471 la Lupa fu spostata nella chiesa di San Teodoro, alle falde del colle Palatino, e rimase lì fino a quando non venne ristrutturata la piazza del Campidoglio. Nel periodo in cui la scultura era nella zona del Laterano sembra che abbia presieduto alle esecuzioni dei condannati, come documentate da un disegno ritrovato nel 1438 che mostra accanto alla Lupa mani mozzate, mani inchiodate alla torre di alcuni ladri, colpevoli di aver trafugato oggetti preziosi della vicina Basilica.
L’ulteriore trasloco della Lupa fu voluto da Papa Sisto IV, che donò la scultura ai Conservatori che la pagarono con 10 fiorini d’oro, in seguito forse utilizzati per rifare i due gemelli andati distrutti. Questi vennero scolpiti di nuovo da Antonio Pollaiolo. Fu così che la Lupa venne istallata su un piedistallo posto al centro della sala dei Capitolini, ed è qui che finalmente ha trovato la sua definitiva ed attuale collocazione.
La datazione tradizionale parlava dell’epoca arcaica della storia romana, oscillante tra il V secolo a.C. (secondo alcuni agli inizi, secondo altri alla fine) e il III secolo a.C.Tra le due possibili statue antiche della lupa, si ipotizzava che quella superstite fosse quella capitolina, perché giunta a noi priva di gemelli e con tracce di un guasto sulle zampe posteriori. Secondo studi più recenti la scultura è stata datata in epoca medievale; tali supposizioni sono state confermate dai test al carbonio condotti dall’università del Salento.
Oggi via della Lupa a Roma si trova nel tratto di strada che va da largo della Fontanella Borghese a via dei Prefetti, qui una volta c’era una fontanella con una testa di animale appoggiata al palazzo Cantalupi, sul cui portone c’è ancora lo stemma con il lupo.